Afin d’être effective, une mesure compensatoire nécessite d’identifier et de mettre en place les opérations de gestion nécessaires à l’atteinte des objectifs fixés (équivalence entre l’impact et la compensation) et adéquates (adaptées au type de zone humide). Les mesures de gestion peuvent être réalisées directement par le maître d’ouvrage ou déléguées à un organisme spécialisé. Le maître d’ouvrage reste règlementairement responsable de l’ensemble de la réalisation de la mesure compensatoire, même en cas de délégation de certaines activités.

Le niveau d’exigence attendu est variable selon l’importance des enjeux du projet : 

 

Un plan de gestion est requis pour les projets à enjeux et risques d’impacts significatifs et importants, afin de formaliser les mesures de gestion et leur financement. Le plan de gestion est un document écrit, diffusé et approuvé par l’ensemble des acteurs de la compensation qui décrit le site de la compensation et les problèmes et opportunités liés à sa gestion. A partir de ces informations, le plan décrit les objectifs à atteindre et les travaux à mettre en place pour y parvenir (Eurosite Management Planning Toolkit, 1999). La durée de la gestion des mesures doit être justifiée et déterminée en fonction de la durée prévue des impacts, du type de milieux naturels ciblé en priorité par la mesure, des modalités de gestion et du temps estimé nécessaire à l’atteinte des objectifs (Doctrine nationale relative à la séquence éviter, réduire et compenser les impacts su le milieu naturel, mars 2012). 

Un bilan annuel de mise en œuvre des mesures de gestion et de protection des zones humides sera réalisé. De plus, les opérations de gestion font l’objet d’un suivi permettant de juger de leur pertinence par rapport aux objectifs fixés et si nécessaire d’adapter les opérations de gestion.