Retenue : 

Pour les retenues à faible marnage (<2m) : IBL (Indice biologique lacustre) si paramètres déclassant à l’issue du suivi physico-chimique aval pour approcher cycle de transformation de la matière organique 

Aval barrage et usine : 

• Prélèvements de macro-invertébrés benthiques (Protocole RCS) avec approche quantitative (2 stations au minimum sur 2 à 3 campagnes sur une année.) avec abondances des groupes fonctionnels. Démarrage du suivi trois ans après la mise en service
• Intégration des stations réseau situées sur le bassin versant
• Etude dérive des macro-invertébrés si les peuplements en place montrent un déficit (structure, abondance) ou un dysfonctionnement

• Suivi par réalisation d’inventaires piscicoles sur les stations de l’état initial dans et hors du tronçon court-circuité, dans des conditions d’échantillonnage identiques et à la même période (celle où le recrutement de l’année est mesurable) et dans un délai tel que l’espèce repère ait pu accomplir un cycle biologique complet (3 à 4 ans pour les populations salmonicoles jusqu’à 6 ans pour les populations de cyprinidés d’eau vives. Deux campagnes d’études annuelles peuvent s’avérer nécessaires)
• Prise en compte dans l’analyse des résultats des événements hydrologiques susceptibles d’avoir conditionné le recrutement en juvéniles
• Suivi échouages/piégeages en aval de l'usine selon faisabilité sur le site et intérêt

• Suivi de l’efficacité des ouvrages de franchissement à la montaison (conformité, attractivité, piégeage pour les grands migrateurs…)
• Suivi de l’efficacité des dispositifs de dévalaison par diagnostic de la courantologie (vitesses au plan de grille, guidage vers exutoire de dévalaison…) ou par piégeage ou radiopistage
• En cas de TCC, évolution de sa franchissabilité
• Connectivité avec les tributaires du plan d’eau selon le niveau de marnage

• Evolution des abris en berge et sous berges (nature et importance relative) dans l’éventuel TCC et en aval de l’usine
• Evolution des zones de frayères réelles (comptage des nids) dans l’éventuel TCC et en aval de l’usine en référence à l’état initial, avec station témoin amont

• Suivi précis de la gestion piscicole en liaison étroite avec les AAPPMA