• Prélèvements de macroinvertébrés benthiques (protocole RCS) avec approche quantitative (4 stations au minimum sur deux à trois campagnes dont une en amont et trois réparties à l’aval du barrage et à l’aval de l’usine si présence d’un tronçon court-circuité)
• Espèces à statut de protection (écrevisses, …)

• Intégration des résultats des stations réseau situées sur le bassin versant
• Pour les retenues à faible marnage (< 2m) : IBL (Indice Biologique Lacustre) si paramètres déclassant à l’issue du suivi physico-chimique aval pour approcher le cycle de transformation de la matière organique
• Suivi de la dérive des Invertébrés si les peuplements en place montrent un déficit (structure, abondance) ou un dysfonctionnement

• Données piscicoles générales: composition spécifique, espèces à statut de protection dans la retenue, et à l’aval du barrage et à l’aval de l’usine si présence d’un tronçon court-circuité
• Données piscicoles élaborées sur la base de protocoles d’échantillonnage privilégiant lorsque cela est possible la prospection complète à pied de De Lury à des périodes permettant de capturer les alevins de l’année (0+) à minima deux années
• Structure du peuplement sur 3 à 5 stations (une station témoin amont, 1 à 2 stations dans le tronçon court-circuité et 1 à 2 stations  à l’aval de l’usine si présence d’un tronçon court-circuité)
• Abondance et structure de classe d’âge des espèces cibles sur 1 à 2 stations (une station dans la zone d’emprise des travaux et une station témoin amont en cas de suivi) sur une seule campagne
• Diagnostic avec analyse de l’évolution des structures de classes d’âge en intégrant les événements hydrologiques susceptibles d’avoir conditionné le recrutement en juvéniles
• Dans la mesure du possible, connaissance précise de la gestion halieutique du milieu récepteur et de la retenue (repeuplement, pression de pêche) ayant prévalu les deux années précédant l’état initial

• Echantillonnage du peuplement piscicole de la retenue
• Approche typologique visant à approcher les peuplements avant aménagement
• Intégration des stations réseau situées sur le bassin versant

Diagnostic continuité montaison 

• Conditions actuelles de montaison à hauteur de l’ouvrage
• Obstacles artificiels ou naturels à la montaison situés en amont et à l’aval du barrage et à l’aval de l’usine si présence d’un TCC
• Connectivité avec tributaires du plan d’eau selon le niveau du marnage
• Retard de migration lié à l’efficacité du dispositif de franchissement, et à l’effet cumulé d’autres ouvrages présents sur le même axe
• Enjeux attachés à la continuité

Diagnostic continuité dévalaison (cas particulier de la dévalaison de l’anguille)

• Risques d’entraînement dans la prise d’eau lors de la dévalaison
• Taux de mortalité piscicole dans les turbines à partir des formules prédictives  développées par type de turbine
• Taux de mortalité par chute depuis les ouvrages de surverse du barrage (suivant hauteur)
• Accroissement des risques de prédation des poissons grands migrateurs dévalant dans la retenue (smolts) pouvant être accentués par une température plus élevée dans la retenue
• Obstacles artificiels à la dévalaison situés en amont et à l’aval du barrage et de l’usine

• Situation de l’aménagement vis-à-vis des plans de gestion (PLAGEPOMI, ZAP…).

• Recensement des frayères potentielles dans le tronçon court-circuité et/ou dans le tronçon soumis à éclusés
• Exondation (frayères des espèces lithophiles, de pontes d’invertébrés, dérive d’invertébrés et de larves, habitats de bordure) à l’aval de l’usine
• Echouage et piégeage de l’ichtyofaune (notamment dans le bras secondaires) à l’aval de l’usine

• Caractérisation et dénombrement des zones de frayères réelles (comptage des nids) avec protocole stationnel
• Abondance de zones de frayères en amont de la retenue, en aval de l’usine afin d’évaluer les enjeux de la continuité piscicole pour opportunité de restaurer la continuité

• Espèces animales et végétales à caractère patrimonial, faisant l’objet d’une protection particulière, … (ex : Desman, Loutre, Castor, Batraciens, Euproctes, Aphanius de Corse, Drosera, Millepertuis, oiseaux,  …) 
• Présence d’habitats remarquables